Mari Makinami kazılıp çıkarılmış Üçüncü Melek’i yenmek için Geçici Birim-05’i kullanır. Asuka Shikinami ve EVA-02, Yedinci Melek’i yener. Sekizinci Melek ortaya çıkıp NERV Karargahı’na saldırır. Dokuzuncu Melek test sırasında EVA-03’ü ele geçirir, Shinji onu durdurmaya gider ama Asuka’nın içeride olduğunu öğrenir. Gendoh, EVA-01’in kontrollerini Taklit Sistemi’ne alıp EVA-03’le savaşmaya başlar…