Yirmi yıl önce Shokichi Komachi, Mars'a yapılan ve bir dünyalaştırma kazası sonucu ortaya çıkan insan-hamamböceği melezleri Terra Formar'ları keşfeden Bugs 2 görevinin bir parçasıydı. Shokichi hayatta kalan iki kişiden biriydi. Şimdi, Mars'tan gelen AE virüsü dünyada çılgınca yayılmaktadır. Shokichi, bir aşı oluşturmak amacıyla bir örnek bulmak için Mars'a geri dönmek üzere Annex 1 uzay aracına biner. Beklenmedik bir kaza, çok uluslu bir komplo ve daha da gelişmiş Terra Formar'larla karşılaşacaklardır.