Bu çağda insanlık iki alt türe dönüşmüştür: Dünya'da yaşayan Doğallar ve yörünge kolonilerinde yaşayan uzayın zorluklarına dayanabilen genetik olarak geliştirilmiş insanlar olan Koordinatörler. Hikaye, tarafsız bir uzay kolonisinin Koordinatörler tarafından işgal edilmesinin ardından iki ırk arasındaki savaşa dahil olan genç Koordinatör Kira Yamato'nun etrafında dönüyor.