Gauna adlı uzaylı bir ırk Dünya'yı yok etmiş ve insanlığı uzay gemisi Sidonia'da hayatta kalma mücadelesine terk etmiştir. Gauna ile son karşılaşmanın üzerinden bir asır geçmiş olmasına rağmen, askerlik zorunludur. Büyükbabası tarafından gizlice Sidonia'nın unutulmuş bağırsaklarına saklanan Nagate Tanikaze için, yüzeye çıkmaya zorlandığı yeni ve tuhaf bir dünyadır bu. Ancak askere alınması tam zamanında gerçekleşir çünkü Gauna aniden yeniden ortaya çıkmıştır.