Orijinal Mobile Suit Gundam SEED'den iki yıl sonra, ZAFT normal insan ırkı olan Naturals'a karşı başka bir savaşa girmek üzereyken geçen dizi, ZAFT'tan bir asker olan Shinn Asuka'ya ve geri dönen çeşitli karakterlerin savaşa katılımına odaklanıyor.