"Hologram Hayaletler" olarak bilinen gizemli yaratıkların görülmesi son birkaç yıldır sosyal ağlarda popüler bir konu olmuştur. Söylentilere göre, birçok insan bu hayaletlerin kurbanı olmuştur. Paranormal varlıklarla karşılaşmalarından sağ kurtulma şansına sahip olanlar, onların parlatılmış hologramlara benzediklerini iddia ediyor. Hazakura Akademisi ortaokul öğrencisi Hiro Amanokawa bu görüntülerin sadece bir şehir efsanesi olduğuna inanıyor. Ancak, olayların sıklığı artmaya başlayınca, babasının aniden ortadan kaybolduğu günü hatırlar; babasının kayboluşundan geriye kalan tek şey garip dijital saatlerdir. Diğer olaylarda olduğu gibi, Hiro'nun babasının başına gelenler de geleneksel mantıkla açıklanamamaktadır. Bir gün akademideki bir öğrenci arkadaşı Hologram Hayalet tarafından saldırıya uğrayınca, Hiro ve arkadaşı Kiyoshirou Higashimitarai konuyu araştırmaya karar verir. Hiro, bu araştırmanın, insanoğlunun daha önce bilmediği tehlikeli bir dünyayı keşfetmeye doğru attıkları ilk adım olacağını bilmemektedir.