Japonya'nın gölgeleri içinde gizli bir savaş devam ediyor. Yaklaşık 200.000 ninja, gizli bir örgüt olan NINJA Ulusal İstihbaratı ya da NIN olarak ölümcül görevler üstlenmeye devam etmektedir. Ancak bir meydan okuyucu ortaya çıkar: UNDER NINJA. BM olarak bilinen bu ninjalar her fırsatta NIN'e karşı çıkmaktadır. Bu UN'lardan biri de ön saflara gönderilen yalnız bir lise öğrencisi olan Kuro'dur. Onun kaderi ne olacak ve hangi grup galip gelecek?