Japonya'da, 2035 yılında, bir araştırma projesi sırasında "Patlama" olarak bilinen bir kaza meydana gelir ve Kurobe Boğazı'na yayılan "Madde" adlı kontrol dışı bir yapay yaşam formu ortaya çıkar. Bir zamanlar insanlığın umudu olarak görülen araştırma şehri hükümet tarafından kordon altına alınır. İki yıl sonra, ailesini Patlama'da kaybeden 15 yaşındaki Aiko Tachibana, okuluna yeni gelen Yuya Kanzaki'den inanılmaz bir şey öğrenir. Vücudunda bir sır gizlidir ve bulmacanın cevabı Patlama'nın merkezi olan "Birincil Nokta "da yatmaktadır. Aiko, bir dalgıç ekibi eşliğinde ve Yuya'nın rehberliğinde yasak bölgeye sızmaya karar verir. İnsanlığın kaderi ellerindeyken bir erkekle bir kız karşılaştığında, hangi yeni gerçek ortaya çıkacaktır?