İlkbaharda kiraz çiçeği yaprakları döküldüğünde, Yū Narukami ailesinin koşulları nedeniyle amcası ve kuzeniyle birlikte yaşamak için Yaso Inaba'ya taşınır. Yasogami Lisesi'ne transfer olur ve burada olaylarla dolu okul hayatı başlar. Ancak, huzurlu kasabada seri cinayetler işlenmeye başladığında, Yū kalbinin fiziksel forma dönüşmüş gücüne uyanır: Bir Persona. Bu yeni gizemlerin içinde, alternatif bir dünya olan Kadife Oda'da yaşayan ve geçmişine dair hiçbir anısı olmayan Marie de vardır. Yū, arkadaşlarıyla birlikte önüne konan tüm bilmeceleri çözmeli ve Yaso Inaba'yı daha fazla şiddetten kurtarmalıdır.