2039 yılına gelindiğinde, küresel ısınma deniz seviyelerinin yükselmesine ve büyük miktarda toprak kaybına neden oldu. Sanki buna bir yanıtmış gibi, sisle kaplı gizemli bir grup savaş gemisi, "Sis Filosu", okyanusun her köşesinde ortaya çıktı ve insan gemilerine saldırmaya başladı. İnsanlık tüm gücünü toplamasına rağmen, Sis'in ezici gücü karşısında tamamen yenildi. İnsanlığın tüm ticaret yolları Sis Filosu tarafından ablukaya alındı, politik ekonomileri yok edildi ve insan ırkı sürekli olarak yenilgiye uğratıldı. Yedi yıl sonra, Sis Filosu'nun denizaltısı I-401, öğrenci Gunzo Chihaya'nın önünde belirir. Denizaltıyı kullanan ve onların düşmanı olması gereken insansı yaşam formu, bunun yerine insanlığa hizmetlerini sunmaktadır.