Zai olarak bilinen gizemli uçan yaratıklar aniden ortaya çıkar ve insanoğlu bu yaratıklarla savaşmak için "Daughters" adı verilen savaş uçaklarının yanı sıra insan kızı şeklindeki otomatik savaş mekanizması "Anima "yı yaratır. Hikaye, gökyüzünde uçmayı arzulayan Narutani Kei adında genç bir adam ve insanlığın kozu olarak kabul edilen Guripen adında bir kız olan Anima'ya odaklanıyor.