Dünya Savaşı'nın arifesinde, 1937 yılında geçen hikaye, "D Ajansı" olarak bilinen gizemli bir casus eğitim organizasyonunu konu alıyor. Örgüt, Japon İmparatorluk Ordusu'ndan Yarbay Yuuki tarafından kurulur. İdealleri, askeri akademi mezunları ve personelinin ötesindeki insanları işe almasına ve onları manipülasyon sanatlarında yetenekli ajanlar olmaları için eğitmesine yol açar. Bu ajanlar operasyonları yürütmek için özel bir ekip haline gelir. Jirou Gamou adındaki böyle bir anti-kahraman ajan, "Kara Notlar" başlıklı gizli belgeleri ortaya çıkarmak için üzücü bir göreve çıkarken, bir yandan da kendi saflarından ve dışından güçlerle mücadele eder.