Onyedinci yüzyılda yaşayan iki Portekizli Cizvit rahip olan (hayatlarını İsa gibi yokluk içinde geçirmeyi ilke edinen) Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) ve Francisco Garrpe (Adam Driver), onlara yıllarca akıl hocalığı yapmış Cristóvão Ferreira’nın (Liam Neeson) Japonya’da dinini inkar ettiği haberini almıştır. Buna inanmakta zorluk çeken iki genç rahip, durumu kendi gözleriyle görüp incelemek, bir yandan da misyonerlik görevini sürdürmek için Japonya’ya giderler. Burada inançlarını gizli olarak sürdüren gizli Hristiyanlarla birlikte büyük baskı ve zorluklara maruz kalacaklardır.