Robert Louis Stevenson'ın ünlü Hazine Adası romanı Muppet'lar ile televizyon ekranlarında yeniden hayat bulur. Kaptan Billy Bones, ölmeden önce sakladığı hazine haritasını Amiral Benbow Hanı'nda yaşayan Jim, Gonzo ve Rizzoya emanet eder. O gece han basılınca, bu üçlü bir gemiye binip kaçarlar. Kurbağa Kermit ve arkadaşları hazineyi bulmaya çalışırlar. Bu uğurda acımasız korsanlarla savaşacaklardır.