Bir ABD denizaltısının yok edilmesi Amiral Tachibana'yı alarma geçirdiğinde Godzilla Japonya için uzak bir anı haline gelmiştir. Arasının açık olduğu kızı Yuri, Godzilla'nın içindeki intikamcı ruhlara karşı Japonya'yı korumak için ayağa kalkması gereken ve Pasifik çatışmasında çektirdikleri acılar nedeniyle hem ulusu hem de halkını yok etmek isteyen koruyucu canavarların efsanesini araştırır.