JSDF pilotu Akane, Tateyama'da yeni bir Godzilla ortaya çıktığında kadersel bir karşılaşma yaşar. Karşı önlem olarak, orijinalinin kalıntılarından Kiryu adında bir cyborg inşa edilir. Makinenin, orijinal canavarın huzursuz ruhunu barındırdığı keşfedilir ve Akane kendi hayatında da değer bulmayı öğrenmek zorunda kalır.