Mechagodzilla'nın kalıntılarını kurtarmak için yapılan bir denizaltı seferi, Titanosaurus adlı devasa bir dinozor tarafından engellenir. Bir Interpol soruşturması, biyolog Ichinose'yi Dr. Mafune ve gizemli kızı Katsura'nın çalışmalarını ortaya çıkarmaya yönlendirir. Kara Delik Uzaylıları ile işbirliği yapan Katsura'nın hayatı yeniden dirilen makineyle iç içe geçer.