Issız olduğu düşünülen Bebek Adası'nda bulunan gemi enkazından kurtulanlar, bilimsel bir keşif gezisine yol açar ve bu keşif gezisi, adanın efsanevi tanrısı Mothra'nın minik ikiz peri rahibeleri Shobijin ile birlikte hayatta kalan bir yerli nüfusu keşfeder. Periler Clark Nelson adlı sömürücü bir işadamı tarafından kaçırıldıktan sonra, Mothra onları kurtarmak için yola çıkar.