U.N.G.C.C. (Birleşmiş Milletler Godzilla Karşı Önlem Merkezi) Mecha-King Ghidorah'ın kalıntılarını kurtarır ve Godzilla'ya karşı bir önlem olarak Mechagodzilla'yı inşa eder. Bu arada, Rodan adlı yeni bir canavarla birlikte dev bir yumurta keşfedilir. Yumurtanın kısa süre sonra bebek bir Godzillasaurus'tan başkası olmadığı anlaşılır.