Sanal gerçeklik teknolojisinin en son ürünü ve insan inovasyonunun kilometre taşı olan Nuh'un Gemisi, Japonya'nın ayrıcalıklı çocuklarına sergilenmek üzere hazırlanmıştır. Oyunlarda yeni bir devrim başlatma onuruna sahiptirler; ancak, bir şirket çalışanının öldürülmüş olarak bulunması ve ölüm mesajının Ark'ın içinde saklı bir ipucuna işaret etmesiyle kaygısız eğlenceleri kısa kesilir. Conan Edogawa, Dedektif Çocuklar ve Ran Mouri ile birlikte bu gizemi çözmek ve failin yakalanmasını sağlamak için Nuh'un Gemisi'ne girer. Ancak Nuh'un Gemisi'nin içine girdiklerinde, gemi kendi zihnine sahip olur ve onları ve çocukları kendi dünyalarına hapseder. Conan ve arkadaşları kaçmak ve katili adalete teslim etmek için simüle edilmiş bir 19. yüzyıl Londra'sında gezinmek ve 50 masum çocuğun hayatı onlara bağlıyken kötü şöhretli Karındeşen Jack'in izini sürmek zorundadır.