İlkbaharda, erkek öğrenci Makoto Yuki Gekkoukan Lisesi'ne transfer olur. Ancak, yeni yatakhanesine doğru giderken, kulaklığındaki müziği dinlerken durdurulur. Daha doğrusu zaman durmuştur ve etrafındaki insanlar tabuta dönüşür. Makoto, gece yarısı dakikaları arasında gizlenen bu zaman dilimine Karanlık Saat denildiğini ve Gölgeler adı verilen canavarların ortaya çıktığı bir zaman olduğunu öğrenir. Üst sınıf arkadaşları Mitsuru ve Akihiko tarafından aniden sınıf arkadaşları Yukari ve Junpei'nin lideri yapılan Makoto, empatiyi, yoldaşlarıyla olan bağını ve ölümün anlamını öğrenmek zorundadır. Evoker'inin gücünü kafasına doğrultan Makoto, gizemli Tartarus kulesinden dünyasına saldırmakla tehdit eden Gölgeler'e karşı savaşır.