Gelecekte, insan mekanik bir bedene sahip olarak ölümsüzlüğe ulaşabilir. Yetim kalan genç Tetsuro, annesinin intikamını almak için bir cyborg bedene sahip olma umuduyla uzay treni Galaxy Express 999'a otostop çeker. Yol boyunca, ölmüş annesinin tıpatıp aynısı olan Maetel ile tanışır.