Yıl M.S. 2009 ve insan ırkı dev insansılar, erkek Zentranlar ve dişi Meltranlar arasındaki bir savaşın ortasında kalmış durumda. Bir uzay kıvrımı yaptıktan sonra güneş sistemimizin sınırından dönen SDF-1 Macross, Güney Ataria Adası'ndan kurtulanlarla birlikte Dünya'ya uzun bir yolculuk yapar.