Ash ve arkadaşları (bu kez yeni gelen Dawn da onlara eşlik ediyor) bir sonraki Pokemon yarışmasına giderken, iki Pokemon Tanrısının (Dialga ve Palkia) kehaneti ve Darkrai adında gizemli, görünüşte ölümcül, uzay ve zamanı bozma gücüne sahip bir Pokemon'un gelişiyle kaosun yakında patlak vereceği pastoral bir köye varırlar.