Madoka'nın evreni yeniden yazmasının, kendini ve mutlu normal günlerini feda ederek tüm sihirli kızları cadıları varoluştan silerek onları bekleyen zalim kaderden kurtarmasının ardından, umutsuzluk hala kabus olarak bilinen yaratıklara dönüşmektedir. Sihirli kız Homura Akemi, Madoka'nın yeniden gülümsediğini görebilme umuduyla tek başına savaşmaya devam ediyor.