Mari Sonoda, yeğeni Jotaro ile Keitaro'nun temizlik dükkanına gider ve geri dönen Naoya ve Masato ile tanışır. Bu arada, bir devlet kuruluşu haline gelen Akıllı Beyin, tüm Orphnoch yaşamını yok etmeyi amaçlayan bir şirkete dönüşmüştür ve bu operasyon Kitazaki tarafından yönetilmektedir. Orphnoch'ları yok olmaktan korumak için Masato Kusaka, Smart Brain'in uygulayıcısı Reina Kurumi'ye karşı savaşır. Sadece bu da değil, yıllar önce ortadan kaybolan ve Akıllı Beyin'e öncülük etmek için Kamen Rider NEXT Faiz olarak geri dönen Takumi Inui'den başkası ona yardım etmez.... Mari ve diğerlerinin yeni Faiz tarafından saldırıya uğradıktan sonra kafaları karışır. Takumi neden Akıllı Beyin ile çalışmaktadır? O zamandan beri neyin peşinde? Çalkantılı yeniden bir araya gelişleri, Orphnochlar ve insanlığı içeren yeni bir hikayenin başlangıcı oldu.