Büyü ve gizem dolu bir diyarda, iki rakip krallık savaşa hazırlanıyor: Su dolu güzel şehir Isa ve sanayileşmiş çorak topraklar Paro. Windaria iki aşığın hikâyesini anlatıyor: Birbirlerine sadık genç çiftçiler Marin ve Izu ile rakip krallıkların prens ve prensesi Ahanas ve Jill. Savaş yaklaşırken, bu yıldız çarpmış aşıklar hayatta kalma mücadelesi verirken trajedinin gerçek derinliğini deneyimleyeceklerdir.