Japonya'daki olağandışı volkanik faaliyetler, ultrasonik bir ışınla her şeyi ortadan ikiye ayırma gücüne sahip, kana susamış uçan bir canavar olan Gyaos'u uyandırır. Bilim insanları ve ordu bu yeni tehdidi durdurmanın bir yolunu bulmaya çalışırken, genç bir çocuk kimsenin güvenmediği bir canavar olan Gamera ile ittifak kurar.