009 Re:Cyborg, her biri insanlığa karşı silah olarak kullanılmak üzere karanlık bir örgüt tarafından yaratılmış dokuz cyborgdan oluşan bir grubu takip ediyor. Grup, halkı korumak yerine kendilerine verilen güçleri yaratıcılarıyla savaşmak için kullanarak yaratıcılarına sırt çevirir.