MS 2199. Yamato, varış noktası olan Iscandar'da bir "Cosmo Ters Sistemi" aldıktan sonra Büyük Macellan Bulutu galaksisini geride bırakmaya çalıştı. Ancak aniden Büyük Macellan Bulutu'nun kenarında gizemli bir grupla karşılaşır. Mürettebat grubun adının "Gatlantis" olduğunu ve liderinin de kendisine "Şimşek Goran Dagaamu" diyen Gutaba keşif gücü komutanı olduğunu öğrenir. Komutan Yamato'nun kendisine teslim edilmesini talep eder. Bir an önce Dünya'ya dönmek isteyen Yamato çatışmadan kaçar. Ancak Yamato, uzayı aşabilen "Alevli Doğrudan Saldırı Topu" adlı yıkıcı bir ışın silahının saldırısına uğrar.