Jim Button ve en iyi arkadaşı makinist Luke'un Ejderha Şehri'ndeki tehlikeli maceralarından dönmelerinin üzerinden bir yıl geçmiştir. Morrowland'de hayat yine sakin bir şekilde devam etmektedir. Birdenbire, sakin Morrowland adasının üzerinde kara bulutlar toplanmaya başlar: Kötü şöhretli korsan çetesi "Vahşi 13", ejderha Bayan Grindtooth'un Jim ve Luke tarafından fethedildiğini öğrenmiştir ve şimdi intikam yemini etmektedir. Morrowland'i başka bir tehditten korumak için, ikisi buharlı makineleri Emma ve Molly ile Prenses Li Si, Bay Tur Tur ve Nepomuk gibi eski arkadaşlarıyla tanıştıkları ve gerçek bir denizkızı olan Sursulapichi ile yeni arkadaşlar edindikleri tehlikeli bir yolculuğa çıkarlar. Maceralarında Jim'in en büyük dileği de gerçekleşebilir: Gizemli kökenleri hakkındaki gerçeği öğrenmek.