Genç kızlar sihirli bir kızın acımasız kaderi hakkındaki gerçeği keşfettikçe, sihirli kızlar birbiri ardına yok edilir. Tüm bunlar olurken tek başına savaşmaya devam eden bir sihirli kız vardır: Homura Akemi. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part II: Eternal, TV anime serisinin ikinci yarısının yeniden anlatımıdır.