Bir okul ödevi için denizle ilgili belge arayışı, Doraemon'un sihirli kapısını açacak ve Nobita'yı okyanusun derinliklerindeki Shizuka, Gian ve Sueno'ya götürecektir. Arkadaşlarımız bu kez denizin gizemlerini öğrenmek ve hazineleri aramak için büyük ve eşsiz bir tekneye binerler. Kimsenin aklına gelmeyen şey ise uzay-zaman çizgisindeki bir bozulmanın onları büyük bir fırtınanın ortasında on yedinci yüzyıla götüreceği ve Doraemon'un sihirli cebini kaybedeceğidir. Kaybedecek zamanları olmayan dostlarımız bir çıkış yolu bulmalıdır. Başarabilecekler mi?