Tokyo Valisi Yuichiro Asakura, Tokyo Metrosu için yeni bir tren hattı olan Touto Hattı'nın açılışından bir gün önce tehdit mektubu alır. Hattın açılış töreni sırasında Conan Edogawa ve Dedektif Çocuklar, Profesör Agasa tarafından yönlendirilir ve Touto Hattı'nın altından geçerler. Tehdit mektubunu duyan Conan, Touto demiryoluna bağlı patlayıcıları fark eder; Shinichi Kudo olarak polisi bilgilendirmek için orijinal sesini kullanarak treni durdurabilir ve trafiği patlayıcılardan uzaklaştırarak herhangi bir ölümün önüne geçebilir.