Ailesi ve sevdikleri tarafından ölü kabul edilen Ömer'in tek amacı Zehra'yı bulmaktır. Bu süreçteki çabaları onu hem yeni düşmanlarıyla hem de onu örgüte geri kazandıracak olan Neslihan'la tanıştırır. Neslihan'ın tek amacı kayıplarına rağmen verdiği sözleri tutmak ve ona ihtiyacı olan insanları yalnız bırakmamaktır. Ancak o bile karşılaşacağı tehlikelerin farkında değildir. Bu ikiliyi dolaylı yoldan da olsa birleştiren en büyük nokta ise vatan sevgisi ve onu koruma arzusudur. Aynı amaç uğruna savaşan yeni bir ekip onlara bu yolda yardımcı olacaktır. Bu zorlu savaşta düşmanlar eskisinden daha tehlikelidir. Teşkilat'ın yeni sezonunda yeni başlangıçlar, yeni hedefler ve tanışıklıklar kahramanları yeni sürprizlere sürüklese de değişmeyen tek şey vatan sevgisidir.