Winona Ryder, Winona Laura Horowitz olarak Olmsted County, Minnesota'da doğdu ve adını yakınlardaki bir kasaba olan Winona, Minnesota'dan aldı. Yazar ve video yapımcısı Cynthia (Istas) ile yayıncı ve kitapçı Michael Horowitz'in kızıdır. Babasının ailesi Ukrayna Yahudisi ve Romanya Yahudisidir. Kuzey Kaliforniya'da elektriği olmayan bir çiftlik komününde büyümüştür. Timothy Leary'nin vaftiz kızıdır. Ailesi Beat şairi Allen Ginsberg'in arkadaşlarıydı ve bir zamanlar Louisa May Alcott'un bir parçasını da içeren, edebiyatta uyuşturucu deneyimi üzerine yazıların bir antolojisi olan "Shaman Woman Mainline Lady" adlı bir kitabın editörlüğünü yaptı. Ryder daha sonra bu yazarın Küçük Kadınlar (1994) adlı romanının uyarlamasında Josephine March rolünü oynayacaktı.Ryder on yaşındayken ailesiyle birlikte Petaluma, Kaliforniya'ya taşındı ve Amerikan Konservatuar Tiyatrosu'nda oyunculuk derslerine kaydoldu. 13 yaşındayken Desert Bloom (1986) filmi için bir video seçmesine katıldı, ancak rolü alamadı. Ancak yönetmen David Seltzer onu fark etti ve Lucas (1986) filminde oynattı. Filmin jeneriğinde adının nasıl yer almasını istediğini sormak için telefon ettiğinde, arka planda babasının Mitch Ryder & The Detroit Wheels albümü çaldığı için Ryder'ı önerdi. Ryder, Baba III (1990) filmindeki Mary Corleone rolü için seçildi, ancak Welcome Home, Roxy Carmichael (1990) ve Deniz Kızları (1990) filmlerini arka arkaya çekmenin yorgunluğuyla gribe yakalanınca rolü bırakmak zorunda kaldı. Standartların altında bir performans sergileyerek kimseyi hayal kırıklığına uğratmak istemediğini söyledi. Daha sonra, dünyanın en iyi yönetmeni olduğuna inandığı Martin Scorsese'nin yönettiği Masumiyet Yaşı (1993) filmini çekti.