Ölümü birçok kez aldatmış gibi hisseden ve hayatta kalan kamikaze pilotu Shikishima, Odo Adası'nda birçok savaş uçağı mühendisiyle birlikte devasa bir canavarın saldırısına uğrar. Shikishima'nın, canavarın dikkatini dağıtmayı başaramaması nedeniyle mühendisler ölür ve bu yüzden ezici bir suçluluk duygusuna kapılır. Artık kişisel bir görevde olan Shikishima, Godzilla olarak bilinen canavarı nihayet alt edebilmek için büyük bir gazi grubuyla iş birliği yapar.

Godzilla Minus One

Akihabara'da yer alan alışveriş bölgesi, Akihabara'nın müşterilerini avlayan, onların sosyal enerjileri ve yaşama istekleriyle beslenen "Synthisters" olarak bilinen yaratıklar tarafından istila edilmiştir. Bu düşmanlar yalnızca doğrudan güneş ışığına maruz bırakılarak durdurulabilir, yani bu sentezleyicileri yenmek için kıyafetlerinin yırtılarak güneş ışığına maruz bırakılması gerekir.