Joaquin Phoenix, Joaquin Rafael Bottom olarak San Juan, Porto Riko'da Arlyn (Dunetz) ve John Bottom çiftinin beş çocuğunun ortancası olarak dünyaya geldi. Amerika Birleşik Devletleri'nden gelen anne ve babası o sırada Tanrı'nın Çocukları misyonerleri olarak görev yapıyordu. Annesi New Yorklu Yahudi bir aileden, Kaliforniyalı babası ise çoğunlukla Britanya Adaları kökenlidir. Joaquin küçüklüğünde büyük kardeşleri River Phoenix ve Rain Phoenix'ten esinlenmiş ve onların daha dünyevi lakaplarına uymak için adını Leaf olarak değiştirmiştir. Çocuklar yaratıcı içgüdülerini geliştirmeye teşvik edildiklerinde, o da onların izinden giderek oyunculuğa başladı. Küçük kız kardeşler Liberty Phoenix ve Summer Phoenix yetenekli grubu tamamladı. Aile sık sık taşındı, Orta ve Güney Amerika'ya seyahat etti (ve yeni başlangıçlarını kutlamak için "Phoenix" soyadını benimsedi) ancak Joaquin 6 yaşına geldiğinde Los Angeles bölgesine yerleşmişlerdi. Arlyn NBC'de sekreter olarak iş buldu ve John da yeteneklerini peyzaj işlerine yöneltti. Sonunda beş çocuğu da temsil etmeye istekli bir menajer buldular ve genç nesil televizyon işine daldı. Et, süt ve abur cubur reklamları yasaktı (çocukların hepsi katı veganlar olarak yetiştirildi), ancak diğer ürünleri tanıtan pek çok iş bulmayı başardılar. Joaquin'in ilk gerçek oyunculuk işi River'ın sitcomu Seven Brides for Seven Brothers (1982)'da konuk oyuncu olarak yer almasıydı: The Riddle of Dyslexia (Disleksi Bilmecesi, 1984) adlı okul sonrası programında kardeşiyle birlikte çalıştı ve ardından başka TV yapımlarında kendi başına rol aldı. Büyük ekranda ilk çıkışını yıldızlar arası macera Uzay Kampı'nda (1986) en genç ekip üyesi olarak yaptı, ardından Soğuk Savaş dönemi draması Russkies'de (1987) ilk başrolünü kazandı. 80'li yılların sonlarında Phoenix klanı kazıkları sökmeye ve bu kez Florida'ya taşınmaya karar verdi. River'ın film kariyeri bu taşınmayı sürdürmek için yeterli ivmeye sahipti ama Joaquin Güneşli Eyalet'te onu nelerin beklediğinden emin değildi. Tesadüfe bakın ki Universal Pictures bölgede yeni bir stüdyo açmıştı ve Joaquin hemen Çılgın Aile (1989) filminde öfkeli bir ergeni canlandırdı. Performansı çok beğenildi, ancak Joaquin bir süreliğine oyunculuktan çekilmeye karar verdi - yaşıtı oyuncular için ilginç rollerin azlığı onu hayal kırıklığına uğratmıştı ve dünyayı daha fazla görmek istiyordu. Ailesi ayrılma sürecindeydi, bu yüzden babasıyla Meksika'ya doğru yola çıktı. Joaquin üç yıl sonra trajik koşullar altında halkın gözüne geri döndü. 31 Ekim 1993'te, kardeşi River aşırı dozda uyuşturucudan bayıldığında ve daha sonra öldüğünde The Viper Room'daydı (Johnny Depp'in kısmen sahibi olduğu bir Los Angeles gece kulübü). Joaquin 911'i aradı ve bu arama tüm dünyada radyo ve televizyonlarda tekrar yayınlandı. Aylar sonra, arkadaşlarının ve meslektaşlarının ısrarıyla Joaquin senaryoları tekrar okumaya başladı, ancak doğru rolü bulana kadar oyunculuk hayatına yeniden girmek konusunda isteksizdi. Sonunda (River'ı Benim Güzel Kazam (1991) ve Dişi Kovboylar da Hüzünlenir (1993) filmlerinde yönetmiş olan) Gus Van Sant'la Sonsuz İhtiras (1995) filminde Nicole Kidman'ın saplantılı hayranı rolünde çalışmak üzere anlaştı. Bu performans Joaquin'i (Leaf'i bırakmış ve doğum ismine geri dönmüştü) eleştirmenlerin gözdesi haline getirdi. 1997 yapımı Inventing the Abbotts'taki (Abbott'ları İcat Etmek) sonraki dönüşü daha fazla eleştirel övgü aldı ve belki de daha önemlisi onu bir zamanlar nişanlısı olan Liv Tyler'la tanıştırdı. (Aynı yıl Oliver Stone'un Kaybedenler (1997) filminde yardımcı bir rolle beyazperdeye döndü ve ardından Cennete Dönüş (1998) filminde hapisteki bir uyuşturucu günah keçisini canlandırdı.) O ve "Paradise" filmindeki rol arkadaşı Vince Vaughn, küçük bir kasabada geçen cinayet filmi Clay Pigeons (1998) için hemen yeniden bir araya geldi ve Joaquin bunu 8MM (1999) filmindeki porno dükkânı tezgâhtarı rolüyle takip etti. Phoenix'in bir yıldız olduğunu doğrulayan film ise tarihi epik Gladyatör (2000) oldu. Roma destanında, Russell Crowe'un esmer kahramanının karşısında bencil, paranoyak genç imparator Commodus rolündeydi. Karakterini olabildiğince gerçek kılmaya kararlı olan Phoenix, çekimler sırasında kilo aldı ve solgun bir ten rengi geliştirdi. Aynı yıl iki bağımsız filmde rol aldı: Çeteler Savaşı'nda (2000) bir liman işçisini (en sevdiği deneyimler arasında sayıyor - ve oturup izleyebildiği tek filmlerinden biri) ve Düşlerin Efendisi'nde (2000) Marquis de Sade'ın akıl hastanesinden sorumlu rahibi canlandırdı. Sınırları Aşmak (2005) biyografisindeki efsanevi müzisyen Johnny Cash rolüyle En İyi Erkek Oyuncu dalında Akademi Ödülü'ne aday gösterildi. Ayrıca filmin müzikleri için bir albüm kaydetti ve bu albümle Görsel Medya için En İyi Derleme Film Müziği dalında Grammy Ödülü aldı.