Shirley Henderson, İskoçya'nın Fife bölgesindeki Kincardine köyünde işçi sınıfı bir ailenin çocuğu olarak dünyaya gelen üç kız kardeşin en büyüğüydü. Gençliğinde yerel olarak şarkı söyledi ve okul tiyatro kulüplerinde sahne aldı. İlk çıkışını, Opportunity Knocks (1956) adlı TV yetenek programında bir şarkıcıyı izlediğinde ve kendisinin de yapabileceğine karar verdiğinde yaptı. Butlins Tatil Kampı'nda bir yetenek yarışmasına katıldı ve kazandı ve oradan yerel müzik kulübü konserlerine geçti. Daha sonra Londra'daki Guildhall Müzik ve Drama Okulu'na kabul edildi. İngiltere Ulusal Tiyatro topluluğunda sahne aldı ve bu da gelecekteki Trainspotting (1996) filmindeki rol arkadaşı Robert Carlyle ile İngiliz TV dizisi Hamish Macbeth'te (1995) rol almasını sağladı.