Tom Everett Scott, sigorta satıcısı Cynthia Ann (Pierce) ve inşaat mühendisi William Joseph Scott'ın dört çocuğundan üçüncüsü olarak Doğu Bridgewater, Massachusetts'te doğdu ve büyüdü. Tom çocukluğunu "ormanda güzel bir evde", yakınlarda bir gölet, kano ve kamp yaparak geçirdi. Lisede tiyatro oyunlarında rol aldı, ancak 1988 yılında Syracuse Üniversitesi'nde iletişim bölümüne kaydoldu. İlk yılında şöyle diyor: "Tiyatroya gittim ve olan biten her şeyi gördüm -insanlar aptal gibi etrafta zıplıyorlardı- ve düşündüm ki, 'Burası benim evim. Olmam gereken yer burası.'" Böylece Tom ana dalını tiyatroya çevirdi ve mezun olduktan sonra New York'a taşındı. Orada garsonluk yaptı ve sonunda üniversite arkadaşlarıyla birlikte "aTheaterco" adını verdikleri bir tiyatro topluluğu kurdu.