Jonathan üç erkek kardeşin en küçüğüdür. Ağabeyi, Anthony LaPaglia, aynı zamanda bir aktör. Ortanca kardeş Michael, Los Angeles'ta araba toptancılığı yapıyor. Onun ebeveynleri, Avustralyalı bir oto galerisi sahibi olan Eddie LaPaglia ve Maria, bir sekreter. Başlangıçta güzel sanatları bir meslek olarak sürdürmek istiyordu. ama yeteneği konusunda şüpheleri vardı. Okuldan mezun oldu Avustralya'daki Adelaide Üniversitesi'nden tıp diploması aldı. Çalıştı Adelaide, Sydney ve Londra'da üç yıl doktorluk yaptı. Duygu kısıtlanınca ağabeyini takip ederek oyunculuk yapmaya karar verdi. 1994'te New York'a taşındı ve burada Circle In The Square Theatre'a katıldı. Okul. İlk çıkışını 1996'da, "The World" dizisinin kadrosuna katıldığında yaptı. TV dizileri New York Undercover (1994).