Uzun bir aradan sonra 2014'te yeniden sinema perdesine dönen 4 genç Ninja kaplumbağanın öyküleri devam ediyor. İlk filmde birlik olup ezeli düşmanları Shredder'ın planlarını alt eden kaplumbağalar New York şehrini koruma görevini daha da deneyimli olarak sürdürüyor. Bu filmin yapımcı koltuğunda da yine Michael Bay oturuyor.

Ninja Kaplumbağalar: Gölgelerin İçinden

Kasım 1988, New York: Yeni bir uyuşturucu türü tüm şehre yayılmış ve bugüne kadar görülmemiş vahşette bir suç dalgasına neden olur. Yeni yasalar doğrultusunda, yeterince adam ve silah kullanamayan polis, ayda iki elemanını kaybeder duruma gelir. Hem suçluları hem suçsuzları yutan acımasız bir savaş başlamıştır. Bobby Green (Joaquin Phoenix) çapraz ateş altında kalmıştır. Brighton Beach’te, akıl hocası Marat Buzhayev'e (Moni Moshonov) ait olan ve Buzhayev'in yeğeni Vadim Nezhinski (Alex Veadov) gibi gansterlerin takıldığı bir Rus gece kulübünde müdürlük yapan Bobby, bu dünyadan uzak durmaya, dönen kirli işlere karışmamaya çalışır. Rahatına düşkün, ahlâk dışı hayat tarzına rağmen kız arkadaşı Amada'ya (Eva Mendes) tutkuyla bağlıdır ve Manhattan'da Buzhayev adına yeni bir gece külübü açmayı arzulamaktadır. Öte yandan, Bobby’nin bu insanlardan özenle sakladığı bir sırrı vardır.