Kris Aquino, Quezon City, Filipinler'de, eski Filipinler Devlet Başkanı Corazon C. Aquino ve eski Filipinler Senatörü Benigno S. Aquino, Jr. çiftinin çocuğu olarak dünyaya geldi. Beş çocuğun en küçüğü olan Aquino'nun kardeşleri Maria Elena "Ballsy" Aquino-Cruz, Aurora Corazon "Pinky" Aquino-Abellada, eski Filipinler Devlet Başkanı Benigno Simeon Cojuangco Aquino III ve Victoria Elisa "Viel" Aquino-Dee'dir. Kendisinin iki çocuğu vardır: Joshua Salvador ve James Carlos Yap.