John, Chris Farley'nin en küçük kardeşidir. Scotch Oil Co. şirketinin sahibi Mary Anne (Crosby) ve Thomas John Farley'nin oğlu olarak Madison, Wisconsin'de büyümüştür. Ağabeyi Kevin P. Farley de oyunculuk yapmaktadır. Erkeklerin en büyüğü olan Tom, Madison'da Chris Farley Vakfı'nın başkanı olarak çalışıyor. Kız kardeşi Barb ise Madison'da okul öncesi öğretmenliği yapıyor. John, Portsmouth, Rhode Island'daki Portsmouth Abbey School'a ve Denver, Colorado'daki Regis Üniversitesi'ne gitti ve Pazarlama bölümünde okudu. Üniversiteden sonra Chicago'daki Second City'de eğitim gördü ve çalıştı. 1998'de Los Angeles'a taşındı.