John Gallagher Jr. aralarında The West Wing (1999), Law & Order'ın da bulunduğu birçok televizyon programında yer almıştır: Special Victims Unit (1999), NYPD Blue (1993), Ed (2000), Love Monkey (2006) ve Hallmark Hall of Fame'in filmi The Flamingo Rising (2001) gibi birçok televizyon programında rol aldı. HBO'da yayınlanan Aaron Sorkin'in Haber Stüdyosu (2012) filminde Jim Harper'ı canlandırdı. Ayrıca Pulitzer ödüllü aynı adlı romandan uyarlanan HBO'nun mini dizisi Olive Kitteridge'de (2014) Christopher Kitteridge rolüyle yer aldı.Film kredileri arasında Annemler yemeğe geliyor (2003), Woody Allen'ın Kim kiminle nerede? (2009), Jonah Hex (2010), The Heart Machine (2014), Kenneth Lonergan'ın Margaret (2011) ve Brie Larson ile birlikte Kısa Dönem 12 (2013) filminde başrol bulunmaktadır. 2016 yılında gerilim filmi Canavar Yolu No: 10 (2016) ve korku-gerilim filmi Hush (2005) filmlerinde rol aldı.