Marilyn Manson, Brian Hugh Warner olarak 5 Ocak 1969 tarihinde Canton, Ohio'da Barbara Jo (Wyer) ve Hugh Angus Warner çiftinin çocuğu olarak dünyaya geldi. Alman ve İngiliz kökenlidir. Çocukluğu sırasında komşularından biri onu birkaç kez taciz etti, ta ki genç Brian bir gün yıkılıp olanları annesine anlatana kadar. Tek çocuk olduğu için sık sık büyükbabası Jack Warner'ın seks oyuncaklarıyla maceraya atılmak, kuzeni Chad ile havalı tüfekle ateş etmek ve sınıf arkadaşlarına satmak için seks dergileri hazırlamak gibi yaramazlıklara karışırdı. Ailesi onu bir Episkopalyan olarak yetiştirdi ve o da dini özel Heritage Christian School'a devam etti. Orada Hıristiyanlığa karşı nefretle dolmaya başladı. Onuncu sınıftayken ailesini devlet okuluna gitmesi için ikna etti. Liseden mezun olduktan sonra ailesiyle birlikte Fort Lauderdale, Florida'ya taşındı çünkü babası orada daha iyi bir iş bulmuştu. Broward adlı yerel toplum kolejinde gazetecilik ve tiyatro eğitimi aldı ve yeni bir yerde olduğu ve kendini yalnız hissettiği için şiirler ve kısa öyküler yazdı. Bir plak dükkanındaki son işinden kovulduktan sonra yerel bir dergide eğlence muhabiri oldu. Aralarında "Nine Inch Nails" grubundan Trent Reznor'ın da bulunduğu birçok ünlü müzisyenle röportaj yaptı. İşi ve yazarlığının yanı sıra sık sık rock kulüplerine de gidiyordu. Çok geçmeden kendi grubunu kurmaya karar verdi. Ozzy Osbourne ve KISS'ten aldığı müzikal etkilerle, aynı ilgi alanlarına sahip diğer müzisyenleri de yanına alarak "Marilyn Manson and the Spooky Kids" adlı grubu kurdu. Marilyn Manson ismini, film yıldızı Marilyn Monroe ve psikopat katil Charles Manson'ın isimlerinin birleşiminden aldı. Grubun adı daha sonra resmi olarak sadece Marilyn Manson olarak değişecek ve orijinal grup üyelerinin çoğu da ayrılıp yerlerine yenileri gelecekti. Manson, Trent Reznor ile yeniden bir araya geldi ve grubunu "Nine Inch Nails" ile turneye çıkardı. Reznor aynı zamanda Marilyn Manson'ın ilk üç albümünün (Portrait of an American Family, AntiChrist Superstar ve Mechanical Animals) ve bir E.P.'sinin (Smells like Children) yapımcılığını üstlendi. "Mechanical Animals" Marilyn Manson'ın bugüne kadarki en başarılı albümüdür. Bu başarı ile birlikte Manson, şarkılarındaki Hıristiyanlık karşıtı mesajlar nedeniyle tartışmalı bir ünlü haline geldi ve Satanist 'Anton Szandor LaVey' Manson'ı Şeytan Kilisesi için bir Rahip olarak kabul etti. Ayrıca şöhretle birlikte Manson diğer ünlülerle kaynaşmaya başladı ve aktris Rose McGowan ile romantik bir ilişki yaşamaya başladı. Daha sonra burlesk dansçısı Dita Von Teese'ye aşık oldu ve kısa süre sonra nişanlandı. İrlanda'da bir kalede peri masalı gibi, mezhepsel olmayan bir düğün yaptılar. Bu arada Manson iki albüm daha (Holy Wood ve the Golden Age of Grotesque) ve bir best of albümü (Lest We Forget: The Best Of...) çıkardı. Ayrıca Jawbreaker (1999), Party Monster (2003) ve Aldatan yürek (2004) gibi filmlerde rol alarak oyunculukla da uğraştı. Müzik yapmaya ve filmlerde oynamaya devam ediyor.