Zuniga, San Francisco, Kaliforniya'da Agnes A. Zuniga (kızlık soyadı Janawicz) ve Joaquin Alberto Zuniga Mazariegos'un çocuğu olarak dünyaya geldi. Annesi Polonya ve Finlandiya kökenli bir Unitarian papazı, aslen Guatemalalı olan babası ise California State University, East Bay'de emeritus felsefe profesörüdür. Zuniga'nın iki kız kardeşi vardır: Jennifer Zuniga ve Rosario Zúñiga.Zuniga, ilk gençlik yıllarında oyunculuğa ilgi duymaya başladı ve San Francisco Amerikan Konservatuar Tiyatrosu'nun Genç Konservatuar programına katıldı. Anne ve babası boşandıktan sonra Zuniga, annesi ve kız kardeşiyle birlikte Berkeley, Kaliforniya'dan Reading, Vermont'a taşındı ve gençlik yıllarının geri kalanını burada geçirdi. Zuniga 1980 yılında Woodstock, Vermont'taki Woodstock Union Lisesi'nden mezun olduktan sonra Kaliforniya'ya döndü ve tiyatro sanatları okumak üzere Los Angeles'taki Kaliforniya Üniversitesi'ne kaydoldu. Üniversiteden ayrıldıktan sonra aktris arkadaşı Meg Ryan ile yakın arkadaş ve oda arkadaşı olan Zuniga, ilk filmini Los Angeles'taki California Üniversitesi'nde öğrenciyken The Dorm That Dripped Blood (1982) adlı slasher filminde yardımcı rolde oynayarak yaptı. Daha sonra 1984 yapımı korku filmi The Initiation'da (1984) Vera Miles ve Clu Gulager ile birlikte rol aldı. Bunu Rob Reiner'ın The Sure Thing (1985) filminde John Cusack ile başrolü paylaşması izledi.1986 yılında Mel Brooks'un unutulmaz kült komedisi Uzay Topları'nda (1987) Prenses Vespa rolünü oynadı ve ardından bilim kurgu korku devam filmi Sinek 2'de (1989) yardımcı rol aldı. Zuniga 1992'den 1996'ya kadar Melrose Place (1992) adlı popüler pembe dizide Jo Reynolds karakterini canlandırdı ve bu rol Zuniga'nın daha geniş kitlelerce tanınmasını sağladı. Dizideki rolünü, 2004'ten 2005'e kadar American Dreams (2004) dizisinde Shelly Pierce olarak başrol ve popüler CW dizisi One Tree Hill'de (2003) 2008'den 2012'ye kadar oynadığı Victoria Davis rolü de dahil olmak üzere çok sayıda televizyon dizisinde yer alması izledi.