Dört yıllık oyunculuk eğitiminin ardından Werner Daehn kariyerine Almanya'da çeşitli tiyatro oyunlarında aldığı rollerle başladı. Beyaz perdedeki uluslararası çıkışını 2002 yılında Rob Cohen'in yönettiği gişe rekorları kıran Triple X filminde Vin Diesel'in sigara tiryakisi düşmanı rolüyle yaptı. Dünya çapında büyük beğeni toplayan ve Yabancı Dilde En İyi Film dalında Akademi Ödülü kazanan THE Lives of Others (2006) ve Yabancı Dilde En İyi Film dalında Akademi Ödülü, National Board of Review'un En İyi Beş Yabancı Film Ödülü'ne layık görülen ve Online Film Critics Society Ödülleri'nde aday gösterilen THE Counterfeiters (2007) gibi diğer uluslararası yapımlarla profili hızla yükseldi.BBC America için James Bond hakkında Fleming adlı TV dizisinde Werner, Hugo Berger rolünü üstlendi. Field of Lost Shoes (2014, yönetmen Sean McNamara) filminde General Franz Sigel'in tarihi karakterini canlandırdı. Werner Daehn, Bryan Singer'ın yönettiği Valkyrie (2008) filminde Binbaşı Ernst John von Freyend rolünde Tom Cruise ile birlikte oynadı. 2012'de Rob Cohen ile Alex Cross için tekrar işbirliği yaptı ve bu filmde bir başka ABD gişe rekorları kıran filmde rol aldı. 2016 yazında Finlandiyalı yönetmen Dome Karukoski'nin yönettiği uluslararası ortak yapım Tom Of Finland için kamera karşısına geçti.TV için yaptığı çalışmalar arasında NBC dizisi Constantine, BBC dizileri UNited ve 39 Steps'in yanı sıra ITV için Colditz'de başrol yer alıyor. Almanya'da, Almanya'nın en önemli suç dizisi Tatort ve diğer popüler suç dizilerindeki rolleriyle tanınıyor.Aralık 2018 Werner Daehn, 14. yüzyılda Töton Tarikatı ve Kutsal Roma İmparatorluğu ordularını yenen Çek ikonu ve savaş lordu Jan Zizka hakkında bir drama olan Medieval'ı tamamladı. Michael Caine, Ben Foster ve Matthew Goode ile birlikte rol aldığı film 2019'un sonunda sinemalarda olacak. 2019'da festivallerden ödüllerle dönen Polonyalı-Alman filmi Kurt Adam ve The Operative de vizyona girecek.