Molly Hagan, Minneapolis, Minnesota'da Jack ve Betty Hagan'ın yedinci çocuğu olarak dünyaya geldi. Dört yaşındayken tüm aile Ft. Wayne, Indiana'ya taşındı. Mısır tarlaları ve kireçtaşı ocakları arasında büyüdü. Molly hep oyuncu olmak istedi. Kız kardeşi Lucy Hagan ile birlikte bir ailenin izleyebileceği en iyi oturma odası tiyatrosunu yaratmak için çalıştı. Ancak ilk gerçek çıkışını St. Therese İlkokulu'nda "Oz Büyücüsü" oyununda iyi cadı Glinda rolüyle yaptı. Molly, elinden gelen en iyi Billie Burke performansını sergiledikten sonra lise tiyatro bölümünden atıldı. Daha sonra Northwestern Üniversitesi'ne gitti.