Gizemli bir eğitmenin davetini kabul eden Ash, Misty ve Brock, yapay bir Pokémon olarak yaratılan ve maç yapmak isteyen Mewtwo ile tanışır.

Pokémon: Mewtwo İntikam Peşinde - Evrim

Dünyaya bir meteor çarpar ve ortaya türlü hayalet gibi ancak uzaylı denilen varlıklar çıkar. Bunlar insanlığı ele geçirirler. Olay 2065 yılında geçmektedir. İnsanlar dünya üzerinde belirli bölgelerde toplaşarak hayatta kalma mücadelesi verirlerken, bir yandan da karşı savaş için doğru bir araç ve yöntem bulmaları gerekmektedir. Aki Ross adındaki bir bilim insanı, uzaylıların saldırısı ile öldüren türde bir enfeksiyona yakalanır. Sonrasında da bu uzaylı yaratıklara karşı verilen mücadelenin lideri konumuna gelir. Bir dönem video oyunları alanında oldukça büyük ilgi görmüş olan hatta kendi müptelalarını bile oluşturan bu seri, şimdi bir animasyon film şeklinde buluşuyor izleyicisi ile.